Die Fachkommissionen verfolgen eigene Projekte in Koordination mit dem Vorstand des Herder-Forschungsrats. In ihre Arbeit werden auch Experten einbezogen, die nicht Mitglied des Forschungsrats sind.
Die Fachkommission für Sprache und Literatur wurde in den 1960er Jahren von Hans-Bernhard Harder und Hans Rothe gegründet. Sie setzt sich aus Slavisten und Germanisten zusammen, die den sprachlichen und literarischen Kontakt der Slaven und Deutschen in den ehemals deutschsprachigen Gebieten des östlichen Mitteleuropa untersuchen.
Sie hat das Ziel, die Erforschung der Volkskultur und Alltagskultur im östlichen und südöstlichen Europa und vor allem des interkulturellen Austausches zwischen diesen Ländern und dem deutschen Sprachraum
voranzutreiben.
Die Fachkommission hat es sich seit den 1970er Jahren insbesondere zur Aufgabe gemacht, den Kontakt zu Fachkollegen in Ostmitteleuropa zu suchen und zu entwickeln, so dass bis heute nahezu 100 Wissenschaftler aus den baltischen Ländern, Polen sowie der Tschechischen und der Slowakischen Republik – meist mit eigenen Beiträgen – an ihren Tagungen und Veröffentlichungen mitgewirkt haben.
Die Fachkommission Zeitgeschichte befasst sich mit übergreifenden Themen der Geschichte Ostmitteleuropas seit dem Zweiten Weltkrieg in vergleichender Perspektive.